Quali batteri sono presenti nelle feci?

Le feci non sono solo “scarti”: rappresentano una fotografia, seppur parziale, del mondo di microrganismi che abita il nostro intestino. Capire quali batteri sono presenti nelle feci aiuta a comprendere meglio cosa sia il microbiota intestinale, perché è così importante per la salute e in quali situazioni un’alterazione della flora batterica può essere il segnale di un problema da discutere con il medico.

In questa guida analizzeremo i principali tipi di batteri che si ritrovano normalmente nelle feci, i metodi con cui vengono identificati in laboratorio, il loro ruolo nella digestione, nel metabolismo e nel sistema immunitario, oltre ai segnali che devono far sospettare un’infezione o una disbiosi. Vedremo anche quali strategie di prevenzione e trattamento sono oggi considerate più solide, distinguendo ciò che è supportato da evidenze scientifiche da ciò che è ancora oggetto di ricerca.

Tipi di batteri presenti nelle feci

Quando si parla di batteri nelle feci, si fa in realtà riferimento a una comunità estremamente complessa di microrganismi, definita microbiota intestinale. Dal punto di vista scientifico, i batteri vengono spesso classificati in grandi gruppi chiamati phyla. Nelle feci di un adulto sano, i phyla più rappresentati sono in genere Firmicutes e Bacteroidetes, seguiti da Actinobacteria e Proteobacteria. All’interno di questi gruppi si trovano generi batterici come Bacteroides, Faecalibacterium, Ruminococcus, Lactobacillus, Bifidobacterium, Escherichia e molti altri. La composizione esatta varia da persona a persona e cambia nel tempo, influenzata da dieta, età, farmaci e stile di vita.

Un aspetto importante è distinguere tra batteri “commensali” (abituali residenti dell’intestino), batteri potenzialmente benefici (spesso chiamati probiotici quando somministrati come integratori) e batteri patogeni, cioè in grado di causare malattia. Nelle feci di un soggetto sano prevalgono i commensali, che convivono con l’organismo senza danneggiarlo e spesso lo aiutano. Alcuni generi, come Bifidobacterium e Lactobacillus, sono considerati particolarmente favorevoli all’equilibrio intestinale, anche se non esiste un “profilo perfetto” valido per tutti. La presenza di piccole quantità di batteri potenzialmente patogeni non significa necessariamente malattia: conta il contesto, la quantità e lo stato di salute generale. Per approfondire il ruolo dei fermenti e dei batteri “buoni” è utile conoscere meglio il rapporto tra fermenti lattici e salute intestinale.

Tra i batteri più frequentemente citati nelle feci troviamo i Bacteroides, che contribuiscono alla digestione di carboidrati complessi e fibre, e i Firmicutes come Faecalibacterium prausnitzii, produttori di acidi grassi a catena corta (come il butirrato) che nutrono le cellule del colon e hanno un ruolo antinfiammatorio locale. I Bifidobacterium, più abbondanti nei primi anni di vita, sono associati a una buona maturazione del sistema immunitario e a una barriera intestinale più efficiente. Anche Escherichia coli, spesso percepito solo come “batterio cattivo”, è normalmente presente nell’intestino in ceppi non patogeni, partecipando all’equilibrio del microbiota.

Accanto ai batteri “amici”, nelle feci possono comparire batteri opportunisti o patogeni veri e propri, come alcune specie di Clostridioides (in particolare C. difficile), Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, ceppi enterotossigeni di E. coli e altri. Questi microrganismi, quando presenti in quantità elevate o dotati di specifici fattori di virulenza, possono causare diarrea, febbre, dolori addominali e, nei casi più gravi, disidratazione e complicanze sistemiche. È importante sottolineare che la semplice identificazione di un batterio nelle feci non basta a definire una diagnosi: servono sempre l’inquadramento clinico e, se necessario, ulteriori esami.

Infine, le feci non contengono solo batteri: vi si trovano anche virus, funghi (come Candida in piccole quantità), archea e altri microrganismi. Tuttavia, dal punto di vista pratico, la maggior parte degli esami di routine si concentra sui batteri, perché sono più facilmente coltivabili e perché molte infezioni intestinali batteriche hanno un impatto clinico rilevante. Studi recenti mostrano che la composizione microbica delle feci non coincide esattamente con quella aderente alla mucosa intestinale, ma rappresenta comunque un campione molto utilizzato per studiare il microbiota umano e le sue variazioni in salute e malattia.

Metodi di identificazione

I batteri presenti nelle feci possono essere studiati con diversi metodi di laboratorio, che si distinguono per tecnologia, tempi di risposta, costi e tipo di informazioni fornite. L’esame più tradizionale è la coprocoltura, che consiste nel seminare un campione di feci su terreni di coltura specifici per favorire la crescita di determinati batteri patogeni, come Salmonella, Shigella, Campylobacter e altri. Dopo un periodo di incubazione, le colonie cresciute vengono identificate tramite test biochimici o sistemi automatizzati. La coprocoltura è utile soprattutto quando si sospetta un’infezione batterica acuta con diarrea, febbre e sintomi sistemici, ma non fornisce un quadro completo di tutto il microbiota.

Accanto alla coprocoltura, si utilizzano sempre più spesso metodi molecolari, basati sull’analisi del DNA o dell’RNA batterico. I pannelli PCR (reazione a catena della polimerasi) permettono di cercare in modo mirato la presenza di specifici patogeni intestinali, inclusi batteri, virus e parassiti, con tempi di risposta più rapidi rispetto alla coltura. Esistono anche test dedicati alla ricerca di tossine prodotte da Clostridioides difficile, importante causa di diarrea associata ad antibiotici. Questi esami sono particolarmente utili nei pazienti fragili, ospedalizzati o con sintomi severi, perché consentono di identificare rapidamente l’agente responsabile e impostare una terapia mirata. Anche in questo contesto, la valutazione clinica resta fondamentale per interpretare correttamente i risultati.

Per studiare la composizione globale del microbiota fecale, soprattutto in ambito di ricerca, si ricorre a tecniche di sequenziamento del DNA, come il sequenziamento del gene 16S rRNA o il metagenoma shot-gun. Questi metodi non cercano un singolo patogeno, ma analizzano l’insieme dei geni batterici presenti nel campione, permettendo di stimare la diversità microbica, la presenza relativa dei vari phyla e generi, e talvolta anche le potenziali funzioni metaboliche. Si tratta di strumenti molto potenti per comprendere le associazioni tra microbiota e malattie (per esempio obesità, malattie infiammatorie intestinali, sindrome dell’intestino irritabile), ma non sono ancora standardizzati per l’uso clinico di routine e la loro interpretazione richiede competenze specialistiche. Per chi è interessato agli aspetti più pratici della modulazione del microbiota, può essere utile leggere anche approfondimenti su come i fermenti lattici influenzano la flora intestinale.

Negli ultimi anni sono comparsi sul mercato test commerciali “diretti al consumatore” che promettono di analizzare il microbiota fecale e fornire consigli personalizzati su dieta e integratori. È importante essere cauti: sebbene le tecnologie di sequenziamento siano reali, le correlazioni tra un certo profilo batterico e raccomandazioni nutrizionali specifiche non sono ancora consolidate per l’uso individuale. Molti di questi test non sono regolati come dispositivi diagnostici e non sostituiscono in alcun modo la valutazione medica. Possono avere un interesse esplorativo o di ricerca, ma non dovrebbero essere utilizzati per autodiagnosi o per modificare terapie senza confronto con un professionista sanitario.

Infine, alcuni esami delle feci valutano parametri indiretti legati alla presenza e all’attività dei batteri, come il pH fecale, la quantità di acidi grassi a catena corta, la calprotectina (marker di infiammazione intestinale), la presenza di sangue occulto o di grassi non digeriti. Questi test non identificano singoli batteri, ma aiutano a capire se l’intestino è infiammato, se la digestione è adeguata o se vi sono segni di malassorbimento. L’interpretazione integrata di questi dati, insieme alla storia clinica e ad eventuali esami endoscopici o di imaging, consente al medico di orientarsi tra le molte possibili cause di disturbi intestinali.

Importanza dei batteri intestinali

I batteri presenti nelle feci riflettono, almeno in parte, il ruolo cruciale del microbiota intestinale per la salute dell’organismo. Una delle funzioni principali è la digestione di componenti della dieta che l’intestino umano non è in grado di degradare da solo, in particolare le fibre alimentari. Attraverso processi di fermentazione, molti batteri producono acidi grassi a catena corta (come acetato, propionato e butirrato) che rappresentano una fonte di energia per le cellule del colon, contribuiscono a mantenere il pH intestinale favorevole e hanno effetti antinfiammatori locali e sistemici. Questo spiega perché un’alimentazione ricca di fibre, frutta, verdura e legumi è associata a un microbiota più diversificato e, in molti studi, a un minor rischio di alcune patologie croniche.

Un’altra funzione fondamentale dei batteri intestinali è la protezione contro i patogeni, definita “resistenza alla colonizzazione”. I microrganismi commensali occupano spazio, consumano nutrienti e producono sostanze (come batteriocine e acidi organici) che rendono più difficile l’insediamento e la proliferazione di batteri dannosi. Quando questo equilibrio viene alterato, per esempio dopo cicli ripetuti di antibiotici o in caso di malattie croniche, i patogeni possono trovare un ambiente più favorevole e causare infezioni. È il caso, per esempio, delle infezioni da Clostridioides difficile, che spesso insorgono dopo terapie antibiotiche prolungate proprio perché il microbiota “protettivo” è stato impoverito.

I batteri intestinali interagiscono strettamente anche con il sistema immunitario. Fin dai primi mesi di vita, l’esposizione controllata a microrganismi intestinali contribuisce alla maturazione delle difese immunitarie, aiutando l’organismo a distinguere tra agenti innocui e potenziali minacce. Alcuni metaboliti prodotti dal microbiota modulano l’attività delle cellule immunitarie, influenzando la risposta infiammatoria non solo a livello intestinale, ma anche in altri distretti dell’organismo. Non a caso, alterazioni del microbiota (disbiosi) sono state associate, in numerosi studi, a malattie infiammatorie intestinali, allergie, malattie autoimmuni e persino disturbi metabolici, anche se in molti casi non è ancora chiaro se si tratti di causa, conseguenza o entrambe le cose.

Il microbiota intestinale partecipa inoltre alla sintesi di alcune vitamine (come vitamina K e alcune vitamine del gruppo B), alla trasformazione di acidi biliari e di numerosi composti introdotti con la dieta o i farmaci. Questo significa che la composizione batterica può influenzare, almeno in parte, il metabolismo dei nutrienti e la risposta ai trattamenti farmacologici. Per esempio, alcune categorie di batteri sono in grado di inattivare o attivare farmaci, modificandone l’efficacia o il profilo di effetti collaterali. Anche se la “farmacologia del microbiota” è un campo ancora in evoluzione, è probabile che in futuro la conoscenza del profilo batterico individuale possa contribuire a personalizzare meglio alcune terapie.

Infine, negli ultimi anni si è parlato molto dell’asse intestino-cervello, cioè del dialogo bidirezionale tra microbiota, sistema nervoso enterico (la “rete nervosa” dell’intestino) e sistema nervoso centrale. Alcuni batteri producono sostanze che possono influenzare la produzione di neurotrasmettitori, la permeabilità della barriera intestinale e la risposta allo stress. Studi preliminari suggeriscono associazioni tra alterazioni del microbiota e disturbi come ansia, depressione e sindrome dell’intestino irritabile. Tuttavia, molte di queste evidenze sono ancora sperimentali e non giustificano, al momento, l’uso indiscriminato di probiotici come “cura” per problemi psicologici. È più corretto parlare di un’area di ricerca promettente, che conferma quanto i batteri presenti nelle feci siano parte di un sistema complesso che va ben oltre la semplice digestione.

Quando preoccuparsi

La presenza di batteri nelle feci, di per sé, è un fenomeno fisiologico e necessario: un campione fecale completamente sterile sarebbe anomalo. Diventa importante preoccuparsi quando compaiono sintomi o segni che suggeriscono un’alterazione significativa dell’equilibrio intestinale o un’infezione. Tra i campanelli d’allarme più rilevanti vi sono la diarrea persistente (che dura più di qualche giorno), soprattutto se molto abbondante o acquosa, la presenza di sangue visibile nelle feci, il muco in quantità rilevante, la febbre associata a dolori addominali intensi, il vomito ripetuto e la disidratazione (bocca secca, riduzione della diuresi, sensazione di forte debolezza). In questi casi è opportuno rivolgersi al medico, che valuterà se richiedere esami delle feci mirati alla ricerca di patogeni specifici.

Un altro segnale da non sottovalutare è il calo di peso non intenzionale, soprattutto se associato a cambiamenti dell’alvo (alternanza di diarrea e stipsi, feci molto sottili, sensazione di evacuazione incompleta) e a sintomi generali come stanchezza marcata o anemia. In questi casi, oltre agli esami delle feci, può essere indicato approfondire con esami del sangue, ecografie, colonscopia o altre indagini per escludere malattie infiammatorie croniche intestinali, celiachia, infezioni persistenti o patologie del colon-retto. Anche la comparsa improvvisa di stipsi severa in una persona che prima aveva un transito regolare merita attenzione, soprattutto dopo i 50 anni.

Per quanto riguarda la cosiddetta disbiosi intestinale, è importante distinguere tra sintomi aspecifici (gonfiore, meteorismo, sensazione di digestione lenta) e quadri clinici più complessi. Molte persone attribuiscono qualsiasi disturbo addominale a una “flora batterica alterata”, ma in realtà questi sintomi possono avere cause molto diverse, dalle abitudini alimentari allo stress, fino a patologie organiche. Alcuni esami delle feci possono suggerire uno squilibrio del microbiota, ma non esiste ancora un “valore soglia” universalmente accettato che definisca la disbiosi in modo univoco. Per questo, la diagnosi non può basarsi solo su un referto di laboratorio, ma deve sempre integrare anamnesi, visita e, se necessario, altri esami.

È bene rivolgersi al medico anche quando si assumono antibiotici e compaiono diarrea importante, crampi addominali o febbre: in alcuni casi potrebbe trattarsi di una diarrea associata ad antibiotici o di un’infezione da Clostridioides difficile, che richiede una gestione specifica. Nei soggetti immunodepressi, anziani o con malattie croniche, anche disturbi intestinali apparentemente lievi possono evolvere più rapidamente e vanno monitorati con maggiore attenzione. Infine, nei bambini molto piccoli, la presenza di diarrea con sangue, febbre alta o segni di disidratazione deve indurre a contattare rapidamente il pediatra o il pronto soccorso. In tutte queste situazioni, evitare l’automedicazione con antibiotici o integratori “fai da te” è fondamentale per non peggiorare il quadro.

Un ultimo aspetto riguarda i risultati degli esami del microbiota venduti online o in farmacia. Se un referto elenca batteri “aumentati” o “ridotti” rispetto a un valore di riferimento, non significa automaticamente che si sia in presenza di una malattia. Le soglie utilizzate da diversi laboratori possono variare e, soprattutto, la variabilità fisiologica tra individui è molto ampia. Prima di preoccuparsi per un presunto “eccesso” o “difetto” di un certo batterio nelle feci, è consigliabile discutere il risultato con un medico o uno specialista in gastroenterologia o nutrizione clinica, che possa contestualizzarlo rispetto ai sintomi e alla storia personale.

Trattamenti e prevenzione

La gestione delle alterazioni dei batteri nelle feci dipende innanzitutto dalla causa sottostante. In presenza di infezioni batteriche documentate (per esempio Salmonella, Shigella, Campylobacter o Clostridioides difficile), il medico può prescrivere terapie specifiche, che talvolta includono antibiotici mirati. È importante non assumere antibiotici di propria iniziativa, perché un uso inappropriato può peggiorare la disbiosi, favorire la selezione di batteri resistenti e, in alcuni casi, prolungare la durata della diarrea. In molte gastroenteriti acute di origine virale o batterica autolimitante, il trattamento principale resta la reidratazione e il supporto sintomatico, mentre gli antibiotici sono riservati a situazioni selezionate, in base alle linee guida e al giudizio clinico.

Per quanto riguarda la prevenzione e il ripristino dell’equilibrio del microbiota, lo stile di vita gioca un ruolo centrale. Una dieta varia e ricca di fibre (cereali integrali, frutta, verdura, legumi), con un apporto moderato di grassi saturi e zuccheri semplici, favorisce la crescita di batteri produttori di acidi grassi a catena corta e aumenta la diversità microbica, considerata un indicatore di “robustezza” del microbiota. Anche l’attività fisica regolare, un sonno adeguato e la gestione dello stress contribuiscono indirettamente alla salute intestinale. Al contrario, diete monotone, molto ricche di alimenti ultra-processati, alcol in eccesso e fumo sono associate, in numerosi studi, a profili batterici meno favorevoli.

I probiotici, cioè microrganismi vivi che, se assunti in quantità adeguata, possono conferire un beneficio alla salute, sono spesso proposti per “riequilibrare” la flora intestinale. Tuttavia, non tutti i probiotici sono uguali: gli effetti sono ceppo-specifici e dipendono dalla dose, dalla durata di assunzione e dal contesto clinico. Alcuni ceppi hanno dimostrato efficacia nel ridurre la durata di alcune forme di diarrea infettiva o nel prevenire, in parte, la diarrea associata ad antibiotici, mentre per molte altre indicazioni le evidenze sono ancora limitate o contrastanti. È quindi consigliabile scegliere prodotti con ceppi ben studiati e, soprattutto, confrontarsi con il medico o il farmacista per capire se, quando e per quanto tempo assumerli, evitando aspettative irrealistiche.

In casi selezionati, soprattutto per infezioni ricorrenti da Clostridioides difficile refrattarie alle terapie convenzionali, può essere preso in considerazione il trapianto di microbiota fecale (FMT, fecal microbiota transplantation). Questa procedura consiste nell’introdurre, tramite colonscopia, sondino o capsule specifiche, materiale fecale opportunamente trattato proveniente da donatori sani, con l’obiettivo di ripristinare un microbiota “protettivo” in chi ha subito un grave impoverimento della flora intestinale. Il FMT è una procedura specialistica, regolata da protocolli rigorosi di selezione dei donatori e di gestione del materiale, e non rappresenta un trattamento generico per qualsiasi disbiosi o disturbo intestinale. Al di fuori delle indicazioni riconosciute, il suo uso è ancora oggetto di studi clinici.

In ottica preventiva, oltre alla dieta e allo stile di vita, è fondamentale un uso prudente degli antibiotici: assumerli solo quando realmente necessari, nella dose e per la durata prescritta, riduce il rischio di alterare profondamente il microbiota e di favorire la comparsa di batteri resistenti. Anche evitare l’automedicazione con lassativi, antidiarroici o integratori “detox” senza indicazione può prevenire squilibri inutili. Infine, una buona igiene delle mani, la corretta conservazione e cottura degli alimenti e l’attenzione all’acqua potabile, soprattutto in viaggio, restano pilastri essenziali per ridurre il rischio di infezioni intestinali e, di conseguenza, di alterazioni patologiche dei batteri presenti nelle feci.

In sintesi, i batteri presenti nelle feci rappresentano la punta dell’iceberg di un ecosistema complesso, il microbiota intestinale, che svolge funzioni fondamentali per digestione, metabolismo, difesa immunitaria e, probabilmente, per molti altri aspetti della salute. Conoscere i principali gruppi batterici, i metodi con cui vengono studiati e i segnali che indicano un possibile squilibrio aiuta a orientarsi tra informazioni spesso frammentarie o sensazionalistiche. Più che inseguire il “profilo perfetto” del microbiota o affidarsi a test non validati, è utile concentrarsi su stili di vita favorevoli all’equilibrio intestinale e, in presenza di sintomi importanti o persistenti, rivolgersi al medico per una valutazione personalizzata e basata sulle evidenze.

Per approfondire

Humanitas – Disbiosi intestinale: i sintomi e come si cura offre una panoramica aggiornata sui sintomi associati alla disbiosi, sugli esami delle feci utilizzati in clinica e sugli approcci terapeutici oggi disponibili.

Humanitas – Microbiota: un libro per scoprire il principale alleato del nostro organismo approfondisce in modo divulgativo la composizione del microbiota intestinale e le sue principali funzioni per la salute generale.

Policlinico Gemelli – Trapianto di flora intestinale contro infezione batterica altrimenti incurabile descrive il trapianto di microbiota fecale e il suo impiego in casi selezionati di infezione ricorrente da Clostridioides difficile.

Policlinico Gemelli – Banca del microbiota intestinale, stilata una consensus mondiale per regolamentarla illustra gli aspetti organizzativi e regolatori delle banche di materiale fecale per il trapianto di microbiota.

PubMed – The microbiome compositional and functional differences between rectal mucosa and feces presenta dati di ricerca sulle differenze tra microbiota fecale e della mucosa rettale, confermando l’uso delle feci come campione per lo studio del microbiota umano.